Hay varias cosas que hay que tener en cuenta: Por un lado el hecho de haber quitado todas las cuerdas de la guitarra simultaneamente ha provocado que la tensión que soporta la madera con las cuerdas haya disminuido,no se si me explico, y al volver a poner las cuerdas la guitarra tiene que volver a "asentarse" para volver a tener el sonido original. Esto en unos días lo tienes solucionado, por eso no es conveniente nunca quitar todas la cuerdas simultaneamente, a no ser que sea extrictamente necesario.
Por otro lado al haber quitado las cuerdas, destensándolas por tanto totalmente, igualmente necesitan un par de días para que afinen correctamente, al igual que ocurre cuando pones unas nuevas, que tardan un par de días en sonar perfectamente y en no desafinarse continuamente.
De todos modos si las cuerdas están muy gastadas aprovecha para cambiarlas y dejar la guitarra "apunto".
Espero haberte ayudao, por cierto yo tengo una Alhmabra 3C, pero me gustaria comprarme una flamenca, ¿que tal es la 3F? ¿la tuya lleva el previo fishman, y si es asi que tal suena enchufada?
Un saludo