Hola:
Una buena solución, seguro que si "compensas" mejor el puente (es lo que has hecho) consigues que afine casi perfecta en traste XII. Aún así lo dejaría en manos de un artesano... porque puedes hacer que la cuerda roce con los trastes y emita sonidos poco agradables.
Esto que has comentado ocurre en todas las cuerdas en mayor o menor medida. Si tenemos la cuerda afinada en un tono, tiene una tensión característica. si la acortamos a la mitad (apretamos un traste XII ideal, sin mover en dirección al mástil la cuerda) sonará justo a la octava. Sin embargo, esto sólo se conseguiría situando el traste a casi la misma altura de la cuerda (la cuerda rozaría en los trástes con la vibración). Los artesanos solucionan esto posicionando los trastes según una regla que les permita "compensar" el desplazamiento hacia el mástil de la cuerda (lo que hace este desplazamiento es aumentar la longitud de esta, y por tanto cambiar la frecuencia de vibración de la misma), de esta forma el traste 12 no coincidirá exactamente en el centro longitudinal de la cuerda. Además las alturas del hueso del puente las sitúan de forma que favorezcan al máximo la afinación, siempre que no introduzcan los ruídos característicos de roce de la cuerda vibrante con los trastes.
Es un hecho que la 3ª cuerda de la guitarra está en el registro medio entre las nylon y las entorchadas, y esto hace que, para llegar a un compromiso entre la posición de los trastes y la compensación del puente, en Todas las cuerdas, tengamos que sacrificar algo de afinación en la 3ª. Aún para los grandes constructores, sigue siendo el caballo de batalla.
Saludos,
