Hola Jorgeloko,
Si que se puede, y de hecho es como se debe hacer para evitar que el tono no sea uniforme. Se puede dar tono a cualquier parte de la guitarra, y a otras no, por ejemplo la guitarra en tono anaranjado, y dejar la roseta muy blanca), y que el espesor del barniz sea uniforme, o poner el abeto en tono dorado, y dejar los perfiles de arce mas blancos, da igual.
Si te refieres a "teñir" la madera, entonces el procedimiento es otro. Teñir y dar color son cosas distintas, y se pueden incluso usar ambas, no hay problema, y es algo independiente del soporte y del material que se use para dar el acabado (desde gomalaca hasta poliuretano).
Un saludo,
P.Chorobo